Водораслите се посочват като най-перспективната суровина за производство на биогорива, тъй като добивът им е от 7 до 13 пъти по-голям от добива на алтернативни източници като царевица, соя или целулозни растения.

     Съществуват обаче редица проблеми в цялостния процес на производство, които са свързани със избирането на точния вид подходящ за добив, регулиране количеството на едноклетъчните организми (драстично нарастване води до липса на светлина и умиране на колониите, както и демонстрация на рентабилност от такъв вид производство.

Генно модифицирани водорасли могат да произвеждат до 80 кг водород на акър за ден при определени условия, според последните проучвания на Масачузетския технологичен институт  като прогнозите за евентуална комерсиализация най-рано към 2012 г.

Главните доводи за перспективата за употреба са:

1. Водораслите произвеждат до 100 пъти повече мазнини на акър в сравнение с други маслодайни култури (соя, слънчоглед , рапица)

2. Водораслите използват въглеродният двуокис - главният причинител за Парниковия ефект

3. Водораслите изискват само слънчево греене и вода (която би могла да бъде и негодна за пиене)

4. Водораслите не се конкурират с други култури - суровини за хранително-вкусовата промишленост